La misión del CENDHOC es mantener vigente una completa y validada base de datos Hidrográficos y Oceanográficos en las áreas de interés nacional, que responda a los intereses institucionales y nacionales, como asimismo dar el apoyo necesario a la comunidad científica marina nacional.
Las funciones específicas del CENDHOC son las siguientes:
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Asesorar al Sr. Director del SHOA, representante nacional ante la Comisión Oceanográfica Intergubernamental (COI), en toda materia relacionada con el intercambio de datos oceanográficos.
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Recopilar, clasificar, normalizar, validar e incorporar a la base de datos Hidrográficos y Oceanográficos, datos físicos, químicos, biológicos y batimétricos, obtenidos conforme con las disposiciones legales vigentes y a través del intercambio con organismos e instituciones nacionales y extranjeras.
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Constituir en representación del SHOA, el punto focal nacional en materia de intercambio de datos oceanográficos entre la comunidad nacional e internacional y el centro de documentación relacionado con el control y clasificación de todo lo relativo a los informes de datos oceanográficos.
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Desempeñar las funciones de Centro Nacional de Datos Oceanográficos (NODC) para el Sistema Internacional de Intercambio de Datos e Informaciones Oceanográficas de la Comisión Oceanográfica Intergubernamental (IODE-COI), cumpliendo las labores de dichos compromisos internacionales.